Długie użytkowanie trójwymiarowej konsoli Nintendo 3DS może prowadzić do wystąpienia bóli i zawrotów głowy. Jest to spowodowane podwyższoną częstotliwością odświeżania obrazu którą ludzkie oko dostrzega za pomocą stereoskopowych okularów.

Dlatego też czas spędzany przed konsola powinien nie być długi, należy robić przerwy. Oprócz tego konsola Nintendo posiada specjalny przełącznik regulujący częstotliwość odświeżania.